El proceso ha sido particularmente polémico debido a la rapidez con la que se ha llevado a cabo la votación, sin esperar a que el nuevo Parlamento tome posición, a pesar de las señales de que la nueva mayoría surgida de las últimas elecciones podría haber rechazado el reglamento, especialmente por sus impactos potenciales en el sector agrícola.
La decisión austriaca de apoyar la ley ha marcado un cambio drástico en su postura inicial de abstención, sorprendiendo tanto a nivel nacional como internacional. La controversia se ha intensificado cuando el Vicecanciller Werner Kogler (perteneciente a Los Verdes en ambos casos) y la Ministra de Acción Climática, Leonore Gewessler (perteneciente a Los Verdes en ambos casos), enviaron una carta al Ministro de Clima y Medio Ambiente de Bruselas, Alain Maron.
En la carta, Kogler y Gewessler han explicado que la intención de voto de Austria no fue coordinada correctamente y subrayan que no existe una obligación legal uniforme desde los gobiernos regionales austríacos sobre cómo votar en estos asuntos. Además, criticaron la falta de base legal en las reclamaciones del Canciller Federal Karl Nehammer (ÖVP, perteneciente al PPE), destacando las diferencias con el sistema alemán donde el derecho de instrucción es más rígido.
El cambio de dirección de la Ministra de Medio Ambiente, Leonore Gewessler, ha sido particularmente controvertido. El Canciller Karl Nehammer ha expresado su rechazo al giro de Gewessler, acusándola de permitir la aprobación de la ley en la UE sin el debido consenso interno en el gobierno austríaco. La situación ha llevado al Gobierno a considerar acciones legales por presunto abuso de poder, planeando llevar el caso hasta el Tribunal de Justicia de la UE (TJUE).
